有时候，企业需要注销分公司，注销分公司时，需要将分公司账务处理与总公司账务处理并账。整体上，分公司注销仅仅影响分公司和总公司个别层面报表数据，对整个公司对外报告数据没有实质影响。

首先，整理分公司账面资料，将其明细科目，核算项目全部整理清楚。整理清楚后，以当年年初余额为基础，以分公司各明细科目余额在总公司账套里面做一笔分录，借方是分公司各明细科目借方余额，贷方是分公司各明细科目贷方余额。同时，财务软件中按照项目核算的，核算项目也要标注清楚。

其次，年初余额如果包含有以前年度内部交易因素，需要抵消。比如以前年度总公司成本10万元存货作价20万元销售给分公司，分公司购进该笔存货尚未销售，假设以前各自独立按照购销核算，现在需要抵消未分配利润10万元和库存商品10万元。

第三，抵消总分公司内部往来科目余额。

第四，将分公司当年业务会计分录重新在总公司账套录入。①为什么前述按年初数据在总公司账套录入分公司科目余额，而不在注销分公司时按照分公司科目余额录入呢，主要在于将当年分公司业务分录在总公司账套录入有利于满足编制当年年报取数需要。②实务中可以将总公司账套反结账，按照月份将分公司业务分录录入，避免总公司账套损益数据不均衡，与实际发生不符。

注意，总分公司当年内部交易业务如何处理？因为以年初为基准点并账，当年内部交易不属于交易。比如当年分公司给总公司借款1000万元，只能理解为一个公司内部转账，不能再确认为债权债务了。在具体处理时两种思路，一是在总公司确认内部往来情况下，以分公司角度确认一笔内部往来，然后再抵消内部往来余额；二是将总公司内部往来分录反冲，分公司角度内部往来也不要处理，只需要按照内部转账模式，借方银行存款甲账户，贷方银行存款乙账户就可以了。